Інститут бере участь у міжнародних проектах:
  • Багаторічному українсько-німецькому проекті “Трансформаційні процеси в басейновій екосистемі Верхнього Дністра”, реалізованого під егідою ЮНЕСКО (координатор від України – д.б.н. М. П. Козловський);
  • Українсько-нідерландському проекті LHF-UA-01 “Відновлення популяції зубра європейського в українській частині Східних Карпат” (координатори – к.б.н. О. Марискевич, к.б.н. А.-Т. Башта);
  • Спільному українсько-американському експерименті (СУАЕ) в опрацюванні результатів космічних біологічних досліджень за тематикою НАСА-НКАУ, у розробленні обладнання для космічних досліджень за програмою російсько-українських експериментів на МКС (виконавці – к.б.н. Лобачевська О. та ін.);
  • У складанні Атласу рукокрилих Карпат (куратор від України – к.б.н. А.-Т. Башта);
  • В угодах про співпрацю з Інститутом систематики та еволюції тварин Польської АН (Польща), Інститутом зоології Польської АН (Польща), Інститутом охорони природи ПАН (Польща) (координатор – к.б.н. А.-Т. Башта);
  • В угодах з Інститутом агрофізики ім. Б. Добжанського Польської АН (Польща), Музеєм зоології Польської АН (Польща), Ґрунтовим Інститутом ім. В. В. Докучаєва Російської АСГН (Російська Федерація) (куратор – к.б.н. О. Марискевич);
  • У проекті в рамках співпраці з Українським науково-технологічним центром (УНТЦ), University of Maryland (Center for environmental science, Ulanowicz Robert), Dresden University of Technology та Інститутом прикладних проблем механіки і математики ім. Я.Підстригача НАН України за темою "Оцінка стану популяцій рідкісних видів міжнародних червоних списків в Українських Карпатах" (координатор – д.б.н. Й. Царик, виконавці – к.б.н. В. Кияк, к.б.н. В. Білонога).
  • У проекті в рамках співпраці з Українським науково-технологічним центром (УНТЦ), University of Utrecht, Netherland (Department of Plant Ecology, Prof. Heinjo During), University of Maryland (Center for environmental science, Prof. Ulanowicz Robert), University of Tubingen, Germany (Department of Plant Physiology, Dr. Christina Chaban), University of Saskatchewan, Canada (School of Environment and Sustainability, Prof. Vladimir Kricsfalusy), Інститутом прикладних проблем механіки і математики ім. Я.Підстригача НАН України та Вiддiленням фiзико-хiмiї горючих копалин Iнституту фiзико-органичноїї хiмiї та вуглехiмiї iм. Л.М.Литвиненка НАН України за темою "Моніторинг природного відновлення девастованих територій сірчаного виробництва у Прикарпатському регіоні України" (Керівник проекту – к.б.н., с.н.с. І.С. Данилків, виконавці – с.н.с. О.В. Лобачевська, с.н.с. Н.Я. Кияк, с.н.с. Я.Д. Хоркавців, с.н.с. О.Л. Баїк, м.н.с. Н.А. Кіт, інж. І.В. Рабик, інж. О.І. Щербаченко).
  • Багатонаціональний спільний проект, який діє в рамках міжрегіональної програми Європейського сусідства і партнерства “Екологічне врядування для навчальних програм з охорони навколишнього середовища”, реалізованого під егідою Європейської Комісії TEMPUS (співкоординатор від Інституту – д.б.н. М. П. Козловський);